1872年11月5日、マリー・セレスト号という二本マストのアメリカ船が、原料アルコールを積んで、ニューヨークからイタリアのジェノバに向けて出港した。
この船に乗っていたのは、ベンジャミン・ブリッグス船長と8人の乗員、そして、船長の妻マリー(本によってはファニー)と娘のソフィアの、総勢11人であった。

ところが、1ヵ月後の12月5日、そのマリー・セレスト号が、ポルトガルとアゾレス諸島の間の大西洋を漂流しているのが、イギリス船デイ・グラシア号に発見された。

航行している様子はなく、海上を漂っている状態だったため、何か事故が発生したのではと思い、グラチア号は、マリー・セレスト号に近づいて船を横付けにして声をかけてみたが、返事がないため、船長以下、数人の乗組員か乗り込んで、中の様子を確認することにした。

しかし、船の中には誰も見当たらなかった・・・。

海賊に襲われたのか?伝染病に感染して乗組員全員が死亡したのだろうか?
それにしても、死体がないのはおかしい。

しかし、不思議なことはそれだけではなかった。
船内の様子を調べる内に、次々と奇怪なことが分かったのだ。
無人で漂流していたマリー・セレスト号の、船長室のテーブルにあった朝食は、食べかけのままで暖かく、コーヒーはまだ湯気を立てており、調理室では、火にかけたまま鍋が煮立っていた。
船員の部屋には、食べかけのチキンとシチューが残っている。

洗面所には今までヒゲを剃っていたような形跡があり、ある船員の部屋には血のついたナイフが置いてあった。

そして船長の航海日誌には、『12月4日、我が妻マリー(本によってはファニー)が』と走り書きが残っていた。

救命ボートも全部残っており、綱をほどいた形跡もなかった。
船の倉庫には、まだたくさんの食料や飲み水が残っていた。
積荷のアルコールの樽も置かれたままで、盗難にあった様子はなかった。

12月4日、一体この船に何が起こったのだろうか。
マリー・セレスト号の乗組員がどこへ消えたのかは、未だ謎のままである。